พ.ศ. 2429 โรงเรียนวัดทรงธรรม เดิมใช้ชื่อว่า "โรงเรียนเมืองนครเขื่อนขันธ์" (จากเอกสารรายงานการโรงเรียนของสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมพระยาดำรงราชานุภาพ ขึ้นทูลเกล้าทูลกระหม่อมถวายพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว คัดจากหนังสือพระราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 3 วันอาทิตย์ ขึ้น 7 ค่ำ เดือน 6 อัฐศกจุลศักราช 1248 ซึ่งตรงกับวันอาทิตย์ที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2429)

พ.ศ. 2438 เจ้าพระคุณอุดมวิจารณ์ (พระใบฎีกากลั่น สีละเตชะ หรือ กลั่น นพคุณ) ได้จัดการพัฒนาการศึกษาจากเดิมเรียนที่กุฏิล่าง ของท่านพระครูปิฎกธร (แทน จันทรังสี) เข้ามาสู่ระบบโรงเรียน โดยตั้งโรงเรียนรัฐบาลบริเวณที่ดินของวัดทรงธรรมวรวิหาร โดยท่านเจ้าพระคุณอุดมญาณ เจ้าอาวาสวัดทรงธรรมวรวิหารได้ทำหนังสือยื่นต่อท่านขุนประพจน์ เนติประวัตร นายเวรการโรงเรียน ขอนำความกราบบังคมทูลพระเจ้าลูกเธอฯ อธิบดีกรมศึกษาธิการ ทรงทราบเป็นโรงเรียนเชลยศักดิ์เมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2438 (ร.ศ. 114) โดยมเจ้าพระคุณอุดมวิจารณ์ เป็นครูคนแรกของโรงเรียนเมืองนครเขื่อนขันธ์

พ.ศ. 2439 โรงเรียนเมืองนครเขื่อนขันธ์ ใช้หลักสูตรพุทธศักราช 2438 และได้มีการสอบไล่ตามระเบียบของกรมการศึกษาในสมัยนั้นและได้ประกาศนียบัตร

พ.ศ. 2463 โรงเรียนเมืองนครเขื่อนขันธ์ ได้เริ่มก่อสร้างเรือนนาคณรงค์สงเคราะห์ เรือนเรียนหลังแรกของโรงเรียนเมืองนครเขื่อนขันธ์ โดยมีพระยานาคราชกำแหงประแดงบุรีนายก (แจ้ง คชเสนี) และพระยาณรงค์ฤทธี เป็นแม่กองในการสร้างเรือนเรียนหลังนี้

พ.ศ. 2464 ในวันที่ 10 กรกฎาคม เจ้าพระยาธรรมศักดิ์มนตรี (สนั่น เทพหัสดิน ณ อยุธยา) เสนาบดีกระทรวงธรรมการเดินทางมาเป็นพิธีเปิดเรือนนาคณรงค์สงเคราะห์ อาคารเรียนของโรงเรียนเมืองนครเขื่อนขันธ์

พ.ศ. 2475 โรงเรียนเมืองนครเขื่อนขันธ์ ได้เปิดการเรียนการสอนขยายถึงชั้นมัธยมศึกษา และได้มีฐานะเป็นโรงเรียนประจำจังหวัดพระประแดง เปิดสอนนักเรียน ชาย-หญิง ต่อมาแยกชั้นประถมศึกษาออกไปเหลือเฉพาะชั้นมัธยมศึกษา มีชื่อว่า "โรงเรียนมัธยมวัดทรงธรรม"

พ.ศ. 2478 โรงเรียนมัธยมวัดทรงธรรม ได้เปิดสอนแผนก พณิชยกรรม และยกเลิกเมื่อ พ.ศ. 2481

พ.ศ. 2481 โรงเรียนมัธยมวัดทรงธรรม ได้แยกนักเรียนหญิงไปเรียนที่กองโรงเรียนทหารเรือที่ 3 ตั้งเป็น "โรงเรียนมัธยมวัดทรงธรรม แผนกสตรี" และปัจจุบันเปลี่ยนชื่อเป็น "โรงเรียนวิสุทธิกษัตรี"

พ.ศ. 2494 โรงเรียนมัธยมวัดทรงธรรม ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "โรงเรียนวัดทรงธรรม" จนมาถึงปัจจุบัน

พ.ศ. 2517 กรมสามัญศึกษา ได้ทดลองเปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาที่วัดบางน้ำผึ้งใน โดยให้โรงเรียนวัดทรงธรรมเป็นแม่ข่ายให้ความช่วยเหลือโดยรับนักเรียนชาย-หญิง

พ.ศ. 2520 โรงเรียนวัดทรงธรรม ได้รับอนุมัติให้เปิดทำการการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย แบบสหศึกษา

พ.ศ. 2521 ทางวัดบางน้ำผึ้งในไม่สามารถจัดหาที่ดินสำหรับสร้างโรงเรียนให้ครบตามหลักเกณฑ์ได้ จึงมีการยกเลิกการเรียนการสอนในวัดบางน้ำผึ้งใน และได้ย้ายนักเรียนทั้งหมดกลับมาเรียนที่โรงเรียนวัดทรงธรรม และเปิดรับนักเรียนหญิงอีกครั้งในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น

พ.ศ. 2553 โรงเรียนวัดทรงธรรม ได้รับให้เป็น "โรงเรียนมาตรฐานสากล"

พ.ศ. 2562 โรงเรียนวัดทรงธรรม ได้รับให้เป็น "โรงเรียนรางวัลคุณภาพ OBEC QA"